Nell’ipogonadismo si ha una ridotta concentrazione di testosterone nel sangue. Il testosterone è prodotto interamente dai testicoli. Una patologia che interferisca sullo sviluppo dei testicoli può causare un ipogonadismo. Se compare prima della pubertà riduce il normale sviluppo dei caratteri sessuali secondari. Le cause possono essere imputabili ad un danno centrale ipotalamo-ipofisario, ad un danno periferico gonadico o ad una resistenza parziale o completa agli androgeni. La resistenza completa agli androgeni porta ad un carattere fenotipico femminile (Sindrome di Morris) in quanto nessuna struttura orientata a maturare in senso maschile riceve lo stimolo adeguato. Il soggetto avrà i genitali esterni ed interni femminili. Anche la resistenza parziale (Sindrome di Reifenstein) può essere riconoscibile per una moderata alterazione dei genitali esterni. In alcuni casi si ha solo una anomalia della espressione genica del recettore degli androgeni (CAG repeat). In pazienti adulti con spermatozoi < 10 milioni/ml, tale anomalia si rileva nell’1,7% dei casi. Fatta eccezione per questa patologia molto grave ben riconoscibile alla nascita e confermata dalla discordanza tra genotipo e fenotipo, per il riconoscimento degli altri quadri clinici è necessario attendere la pubertà. Al momento della pubertà si ha infatti una mancata crescita delle gonadi ed un mancato aumento di testosterone. Ne sono causa l’alterazione dell'asse endocrino ipotalamo-ipofisi-gonadi o un’alterazione intrinseca delle gonadi stesse. Nel primo caso si parla di ipogonadismo ipogonadotropo, nel secondo di ipogonadismo ipergonadotropo. Tra i primi si annovera soprattutto la Sindrome di Kallmann e tra i secondi la Sindrome di Klinefelter.